Tymczasem dwóch synów Brodatego zmarło, a trzeci Henryk, poślubił Annę. Agnieszka wróciła do swych rodziców, którzy tym razem planowali, że wydadzą ją za cesarza Fryderyka II. Tymczasem księżniczka złożyła ślubowanie na życie w czystości i poprosiła o wsparcie papieża Grzegorza IX.

Wydano oficjalny dokument, w którym papież zagwarantował jej możliwość podjęcia decyzji co do dalszej przyszłości. Otrzymawszy pozwolenie rzuciła się w wir pomocy biednym i cierpiącym. Dokończyła fundację swego brata Wacława I dla franciszkanów, którzy opowiedzieli jej o żyjącej w Asyżu siostrze św. Franciszka – Klarze i jej zakonie.

Św. Klara

Zachwycona działalnością Klary i Franciszka, w 1233 roku ufundowała w Pradze szpital oraz klasztor klarysek, zwany czeskim Asyżem. Rok później, w uroczystość Zesłania Ducha Świętego, Agnieszka wstąpiła do tego klasztoru złożyła śluby czystości, ubóstwa i posłuszeństwa. Księżniczka-zakonnica, jeszcze przed wstąpieniem do zakonu, rozpoczęła wymianę korespondencji z Klarą, która usłyszawszy o nowinie, napisała:

Czcigodnej, świętej dziewicy, pani Agnieszce, córce najdostojniejszego i najjaśniejszego króla czeskiego, jej wszędzie poddana i sługa Klara, służka Jezusa Chrystusa i nieużyteczna, służebnica pań żyjących za klauzurą klasztoru św. Damiana, wyraża swe całkowite oddanie oraz szczególne życzenie osiągnięcia chwały szczęścia wiecznego. Szlachetna sława waszego świętego postępowania i życia dotarła nie tylko do mnie, ale rozeszła się chwalebnie prawie po całym świecie; cieszę się z tego w Panu bardzo i raduję; nie tylko ja sama mogę się z tego cieszyć, ale i wszyscy, którzy służą lub pragną służyć Jezusowi Chrystusowi. Dlatego chociaż mogliście bardziej od innych zażywać przepychu, zaszczytów i godności świata, i mogliście z wielką chwałą prawnie poślubić przesławnego cesarza, jak odpowiadało waszej i jego dostojności, odrzuciliście to wszystko, a całą duszą i sercem obraliście raczej najświętsze ubóstwo i niedostatek materialny… 

Tak narodziła się, trwająca dwadzieścia lat, przyjaźń między tymi dwoma przyszłymi świętymi.

Praskie klaryski stały się źródłem odnowy religijnej w Europie. Agnieszka często występowała jako sędzia w wielu sprawach najwyższej wagi dotyczącej państwa, podobno miała dar proroctwa i czytania w sercach. Opiekowała się młodymi ludźmi, którzy, tak jak ona niegdyś, rozeznawali dar powołania. Jej siostra, Anna, wdowa po Henryku Pobożnym, który zginął broniąc Europy przed Mongołami, prowadziła liczne dzieła i fundacje na Dolnym Śląsku. Przy pomocy Agnieszki, sprowadziła klaryski z Pragi do Wrocławia, gdzie dla sióstr wybudowano kościół i klasztor.

Agnieszka Przemyślidka zmarła w opinii świętości 2 lub 6 marca 1282 roku. Święty Jan Paweł II kanonizował ją razem z bratem Albertem Chmielowskim 12 listopada 1989 roku w Rzymie.